Метаболические пути. KEGG

1. Поиск ферментативной реакции по названиям субстрата и продукта

• Субстрат — фумарат (Fumarate)
• Продукт — L-малат (L-Malate)
• Уравнение реакции:
  (S)-Malate <=> Fumarate + H2O
• Изображение реакции с помощью структурных формул:
  
• Название фермента: фумарат гидратаза (fumarate hydratase). Но помимо этого названия существует еще 2 синонима этого фермента — фумараза (fumarase); L-малат гидролаза (L-malate hydro-lyase)
• Код фермента и его расшифровка: EC 4.2.1.2
  EC 4 лиазы (lyases); EC 4.2 углерод-кислородные лиазы (Carbon-Oxygen Lyases ); EC 4.2.1 гидролазы (Hydro-Lyases ); EC 4.2.1.2 фумарат гидратаза (fumarate hydratase)
• Название метаболического пути: цикл трикарбоновых кислот (Citrate cycle (TCA cycle))
• Субстрат мог появиться из метаболизма тирозина, метаболизма аргинина и пролина цикла мочевины, сукцината.
• В дальнейшем продукт может привратиться только в оксалоацетат.
  Найдено 367 генов-ортологов по данным KEGG.

2. Поиск на карте и описание случая, когда ферменты разного типа катализируют одну и ту же реакцию

• Запросы отличаются тем, что в первом случае находятся все карты, где встречается метаболизм глицина, серина и треонина (то есть все организмы с какими-либо частями этого метаболизма). Во втором же случае находится одна, наиболее полная карта.
• Название заданного пути метаболизм глицина, серина и треонина (Glycine, serine and threonine metabolism) и картинка с выбранным фрагментом:
• Сравнение 2-х ферментов с разными ЕС, но катализирующими одну реакцию

  EC	1.4.2.1	1.4.3.3
  Название	глицин дегидрогеназа (glycine dehydrogenase (cytochrome))	Д-аминокислотная оксидаза (D-amino-acid oxidase)
  Реакция	глицин + H2O + 2 феррицитохром С = глиоксилат + NH3 + 2 ферроцитохром С glycine 2 ferricytochrome c glyoxylate 2 ferrocytochrome c	Д-аминокислота + H2O + O2 = 2-оксо-кислота + NH3 + H2O2 a D-amino acid a 2-oxo acid
  Метаболические пути	PATH: map00260 метаболизм глицина, серина и треонина (Glycine, serine and threonine metabolism)	PATH: map00260 метаболизм глицина, серина и треонина PATH: map00330 метаболизм аргинина и пролина (Arginine and proline metabolism) PATH: map00472 метаболизм Д-аргинина орнитина (D-Arginine and D-ornithine metabolism)

3. Cравнение метаболических путей у разных организмов